Stomatolog podczas wykonywania swojej pracy często spotyka się z różnymi ludźmi, którzy być może nawet są nieświadomi, iż są nosicielami chorób infekcyjnych.

Z tego powodu w zamiarze ochrony wszystkich pacjentów, ale również innych pracowników, pracujących w gabinecie, konieczne jest przestrzeganie rygorystycznych zasad zapobiegania wzajemnych zakażeń (przenoszonych od pacjenta na instrumenty a z nich na personel i innych pacjentów).

Aby uzyskać ten rezultat należy przyjąć różne strategie:

•  Powszechne użycie jednorazowego materiału (serwetki, kubki, giętkie ślinociągi, rękawice, maski, nasadki strzykawki powietrze/woda, tacki, pędzelki…). Po zakończonym zabiegu użyty jednorazowy zestaw powinien być zabrany i zutylizowany razem z innymi odpadami specjalnymi przez wyspecjalizowaną firmę.

• Użycie wcześniej zapakowanego kompletu instrumentów dla każdej procedury: dla każdego zabiegu przygotowuje się torebkę z wysterylizowanymi potrzebnymi instrumentami; po zakończeniu zabiegu wszystkie narzędzia znajdujące się tam narzędzia, nawet jeśli nie zostały użyte, powinny być umieszczone w cyklu sterylizacji. Aby cykl był skuteczny powinien przewidywać kodyfikowane protokoły do dokładnego wykonania;

pominięcie tylko jednego kroku może spowodować problemy lub nawet uczynić bezużyteczną procedurę sterylizacji. Podstawowe kroki to:

• Wstępne mycie specyficznymi płynami dezynfekcyjnymi w wannie z ultradźwiękami
• Personalizowane mycie ręczne
• Zapakowanie
• Cykl w autoklawie
• Składowanie oprzyrządowania według trybu i czasów ustalonych  wcześniej 

W ustalonych odstępach czasu należy dokonać oceny skuteczności sterylizacji poprzez specjalne testy. Sterylizacja wszystkich, niejednorazowych instrumentów, będących w kontakcie z pacjentem zostaje dokonywana poprzez użycie homologowanej autoklawy o następującym funkcjonowaniu:Wewnątrz komory sterylizatora oprzyrządowanie (opakowane w specjalnej, papierowej osłonie w celu zachowania sterylności po wyjściu z autoklawy) zostaje poddane działaniu  pary wodnej 135° pod ciśnieniem około dwóch atmosfer przez co najmniej 15 minut, po uprzednim umieszczeniu próżni, tak by para mogła dotrzeć do najgłębszych zakamarków instrumentów. Ten zabieg, jak wykazują badania wykonane przez różne instytuty, daje pewność wyeliminowania wszystkich baterii. W uzupełnieniu należy dodać też inne środki dotyczące dużego oprzyrządowania i całego środowiska pracy. Najgłówniejsze to:

• Dezynfekcja powierzchni nożnych części nie wyjmowanych i komponentów wodnych unitu stomatologicznego za pomocą specjalnych płynów podczas każdej zmiany pacjenta.
• Odizolowanie części, które zetkną się z operatorami (uchwyty lamp i unitu, uchwyt aparatu rentgenowskiego, klawiatury foteli) za pomocą transparentnej osłony, która zostanie usunięta i zamieniona podczas zmiany pacjenta (to powoduje, że operatorzy nie dotkną nigdy skażonych przez innych pacjentów powierzchni). 

Ponadto nowoczesne unity stomatologiczne dysponują systemem dezynfekowania przewodów wodnych, który pozwala na zahamowanie rozmnażania się flory bakteryjnej obecnej w normalnej wodzie z sieci; zwykle jest przewidziana możliwość używania  oddzielnego zasilania z wodą sterylną lub roztworami medycznymi.Rygorystyczne zastosowanie tych reguł pozwala na osiągnięcie wysokiego poziomu bezpieczeństwa, będącego w stanie skutecznie chronić pacjentów i personel stomatologiczny.